自唐宋就实行羁縻统治。

宋大观元年（1107年），始置邛水县， 属思州。

宣和四年（1122年）， 废为堡。

绍兴二年（1132年）， 复置邛水县。

元至元十六年（1279年）改为安定县。 为晓爱泸洞赤溪等处、卑带洞大小田等处；德明洞、秃罗等蛮夷长官司地，属思州军民安抚司。

明洪武五年（1372年）置邛水、得民、晓益、陂带、团罗五长官司；二十五年（1392年）并为邛水一十五洞蛮夷长官司，属思南宣慰司；永乐十二年（1414年）以邛水一十五洞蛮夷长官司隶镇远府。

清雍正十年（1732年）改设邛水县丞，为镇远分县。雍正十二年（1734年）添设镇远县丞一员分驻邛水司地。

民国二年（1913年）以邛水县丞地置邛水县，属黔东道；十三年（1924年）改灵山县；十六年（1927）易名三穗县。相传县城附近稻田中，一株水稻开出三穗，故名。